Преобразование объектов python для rpy2



r py (2)

Следующий код должен создать тепловую карту в rpy2

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)    

Однако это приводит к следующей ошибке

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

Из документации я узнаю, что r.heatmap ожидает «числовую матрицу». Как преобразовать np.array в требуемый тип данных?

https://ffff65535.com


Вы должны добавить

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

См. http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html :

Только одного импорта достаточно для переключения автоматического преобразования numpy-объектов в объекты rpy2.

Зачем делать это необязательный импорт, хотя он мог быть включен в функцию py2ri () (как это сделано в исходном патче, представленном для этой функции)?

Несмотря на то, что оба являются действительными и разумными вариантами, было принято конструктивное решение, чтобы отделить rpy2 от numpy больше всего, и не предполагайте, что наличие numpy, установленного автоматически, означало, что программист хотел его использовать.

edit: С rpy2 series 2.2.x импорт уже не является достаточным. Преобразование должно быть явно активировано.


Для rpy2 2.2.4 мне пришлось добавить:

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()




rpy2